В 1156 и 1159 гг. в Киото, резиденции правительства, произошли короткие вооруженные столкновения, явившиеся непосредственным результатом борьбы за власть внутри императорского дома. В них участвовали и воины Тайра и Минамото, и члены обоих кланов, запутавшиеся в бесчисленных интригах. В конце концов победу одержал ведомый Киёмори (1118—1181) клан Тайра. Соперничающий клан Минамото был побежден.
Но не военный итог конфликта стал главным. В 1160 г., год спустя после второго столкновения, Киёмори был назначен санги, «императорским советником» в Большой Государственный Совет. Воин впервые удостоился такой чести.
Этот факт имел историческое значение: допуск воина в высшие круги власти положил конец статусу самурая как наемника придворных аристократов, или, по оригинальному выражению Карла Фрайдея, «нанятому мечу». Киёмори пошел дальше: в 1167 г. он стал главным министром и сосредоточил в своих руках огромную власть.
Второй этап изменения статуса самурая стал следствием еще одной военной борьбы, вновь между кланами Минамото и Тайра, но на этот раз долгой и в масштабе всей страны, о 1180 г. клан Минамото, возглавляемый Еритомо (1147—1199), находившимся в ссылке в Камакура, поднял армию против Тайра и нанес ему поражение в 1185 г. Но Еритомо поступил иначе, чем Киёмори. Если последний собрал в своих руках все нити власти в центре, то первый, напротив, в целом оставался в стороне от императорских дел. Лишь в 1190 г., спустя пять лет после победы, он прибыл в Киото на аудиенцию к императору Готоба (1180—1239) и удалившемуся от дел императору Госиракава (1127—1192). Он был назначен гондайнагоном, «действующим главным советником», и тайсё, «командующим» Левого крыла стражи Внутреннего дворца. Но уже в следующем месяце он отказался от обоих постов. В 1192 г. он был назначен сегуном, но два года спустя подал в отставку. Очевидно, что его больше интересовало создание своего собственного правительства.
Созданный им орган управления позднее получил название Камакура Бакуфу (бакуфу — изначально ставка главнокомандующего на войне). Таким образом, вплоть до Реставрации императорской власти в 1868 г., именно это «правительство внутри правительства» представляло собой реальную власть, а двор в Киото оставался лишь «источником почестей и местом свершения государственных церемоний и ритуалов».
